公司发3500工资后扣了500，这是正常的吗？

不正常。公司扣工资需说明理由及依据的规章制度，否则属无理扣款，违法。《劳动法》规定，公司应按时足额支付工资，无故克扣需承担法律责任。
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常见处理方式有：首先与公司协商，要求说明扣工资理由；若协商无果，可向劳动监察大队投诉；仍无法解决，可申请劳动仲裁；仲裁后公司拒付，可申请强制执行。
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公司无故扣工资处理方式：1.与公司沟通，要求提供扣工资的具体理由和相关规章制度依据，如不合理，可提出异议。2.沟通无果时，向当地劳动监察大队投诉，请求介入调查并协助处理。3.若劳动监察未能解决问题，向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，通过法律途径维权。4.劳动仲裁裁决生效后，公司仍不执行，可向法院申请强制执行，确保权益得到保障。